В 1996 году  работал преподавателем по классу курая и башкирской думбры в Серменевской музыкальной школе Белорецкого района.

В 1997 году перешёл руководителем фольклорного ансамбля башкирских народных инструментов в Доме культуры «Строитель» ЗАТО Межгорье РБ. После двух лет службы в рядах Российской Армии, продолжил работу, где трудится и по сей день.

В 1999-2004  годы  учился на заочном отделении факультета башкирской музыки  в Уфимской академии искусств, где получил специальность «традиционное музыкальное исполнительство» по  квалификации  «преподаватель  башкирской думбыры и концертный  исполнитель». 

За годы своей работы создал народный ансамбль кураистов и думбыристов "Дэрт". Паралельно занимался преподавательской деятельностью в Детской музыкальной школе ЗАТО Межгорье РБ.

Неоднократный участник и лауреат мероприятий республиканского, всероссийского и международного уровня. 

2002 году в рамках творческой экспедиции "Мировое достояние ЮНЕСКО. Диалог цивилизаций", В. Аубакиров в качестве исполнителя народных песен и концертмейстера участвовал в составе делегации. 

 В 2007 году Вильмиром Аубакировым был выпущен музыкальный альбом "Кубаиры своему народу".   В 2011 году, по приглашению режиссера кремлёвского дворца, участвовал в концертной программе в кремле на госсовете, организованным президентом РФ.

 В 2012 году награжден благодарственным письмом Министерства культуры Республики Башкортостан, в 2014 году - почетной грамотой Министерства культуры Республики Башкортостан.

Создатель и идейный вдохновитель этно-рок-группы "Елмерҙәк", которая за два года существования стала лауреатом республиканского, всероссийского и международного конкурсов и фестивалей, также участвовал на городских, районных и республиканских концертах.